Zsilka Jánost már egyetemi tanulmányai során a nyelvészet legnagyobb, legizgalmasabb kérdései foglalkoztatták: hogyan függ össze egymással a jelentés és a szerkezet, hogyan írható le a jelentés szerkezete, hogyan értjük meg a mondat jelentését? Alapvető problémafelvetése sok elemében hasonlít Apollóniosz Düszkolosznak, a szintaxis megalapítójának általa is oly sokszor idézett kérdésfeltevéséhez: hogyan függ össze egymással a szó, a kategória és a szerkezet? A szintaxisnak erre az alapkérdésére keresték és keresik a választ az általános nyelvészet művelői. Pályája kezdetén Zsilka Jánost szakmai neveltetése a történeti és a hagyományos leíró nyelvészethez köti, gondolkodását alapvetően a filológia befolyásolja. Kutatómunkája során azonban fokozatosan eltávolodott a filológiától, a filológia egyre inkább már csak nyersanyagul szolgált számára azokban az elemzésekben, amelyekben a szintaxis és a szemantika belső összefüggéseit igyekezett feltárni imponáló következetességgel, művek hosszú sorában. Életműve lenyűgöző, mind gondolati gazdagságát, eredetiségét, mind mennyiségét tekintve. Zsilka János avatott szakértője volt a modern strukturalista, transzformációs és generatív irányzatoknak. Műveiben megvalósult a hagyományos és generatív leíró elméletek, leírási technikák kritikáján keresztül ezeknek az irányzatoknak a szintézise. A generativisták egyoldalúan deduktív nyelvleírásával szemben Zsilka János a jelentések levezethetőségének kétirányúságát, a jelentés “kettős mozgását” vallotta.